El primer colegio que tuvieron los jesuitas en Málaga se remonta a 1572 con la fundación del Colegio de San Sebastián. En 1767 Carlos III decretó la expulsión de los miembros de la Compañía de Jesús de los territorios de la corona española, pasando el colegio a manos de la corona.
Fue a finales del siglo XIX cuando Antonio Campos Garín, marqués de Iznate, junto con otros miembros de la burguesía malagueña de la época le ofrecieron a los jesuitas la posibilidad de volver a construir un colegio en Málaga.
Campos ofrece unos terrenos de su propiedad, la llamada finca “La Casa Grande” en la barriada de Miraflores del Palo. La Compañía de Jesús elige al P. José Mª Vélez, quién será el primer Rector, y se encarga del proyecto y construcción al arquitecto Jerónimo Cuervo.
La Junta Constructora la forman, junto a los Padres Vélez y Cenzano, D. Antonio Campos, D. Constantino Grund, D. Tomás y D. Leopoldo Heredia Livermore y D. Manuel Caparrós. Se constituye la sociedad con un capital social de 465.000 pesetas y también suscriben acciones entre otros, los Sres. Loring, Huelin, Crooke, Souvirón y Gómez Ortiz.
Como se puede suponer, la finalidad de la creación del colegio era cubrir la necesidad de un grupo social privilegiado, por lo que se puede considerar de élite. Los requisitos para la admisión del alumnado no estaban al alcance de cualquier familia, ya que era imprescindible suscribir acciones, por lo menos en los primeros años. Del mismo modo, la preparación del alumnado era exigente, lo que se manifiesta en las calificaciones obtenidas.
El Colegio fue inaugurado el 2 de octubre de 1882 con 14 sacerdotes, 10 hermanos y un alumnado formado por 94 internos y 6 externos comenzando las clases el día 3 de octubre de ese año. A lo largo del período de la Restauración el Colegio de San Estanislao se convirtió en uno de los mejores centros educativos de Andalucía.
Así, personalidades de toda España y de Andalucía enviaron a sus hijos a estudiar en este colegio, y posteriormente destacarían en la ciencia, política y otras actividades. Así, José Gálvez Ginachero, José Martínez Maldonado, Juan Peralta España o José Ortega y Gasset pasaron por sus aulas.
Desde 1917 a 1921 se editó una revista «Adveniat Regnum Tuum», producto de una necesidad interna del colegio, pero sobre todo con el fin de dar a conocer las actividades y el nivel cultural de los alumnos a las familias y en especial a la opinión pública. Este tipo de publicaciones tenían precedentes en Málaga y el ejemplo más cercano era El Escolar (1914-1933), del Colegio San Pedro y San Rafael dirigido por Antonio Robles director del mismo.
El tema tratado más ampliamente fue el de la prensa, lógicamente desde una óptica conservadora y abiertamente beligerante contra la prensa progresista: El Imparcial, El Liberal, el Heraldo o La Correspondencia.
La II república, por decreto de 23 de enero de 1932, disuelve la compañía de Jesús por obedecer a un poder extranjero (el Papa) e incauta todos sus bienes, convirtiendo el colegio en el instituto público “Miraflores”.
La Gaceta del 2 de marzo de 1933 publicó una Orden “creando un Instituto-Escuela en el edificio que los jesuitas poseían en Miraflores del Palo, Málaga”. El instituto, a semejanza del Instituto-Escuela de Madrid, aplicaría nuevos métodos de enseñanza-aprendizaje, así como nuevos planes de estudios. En el caso de Málaga, además, el edificio se destinaría, a instancias de numerosas personalidades de la ciudad, a ser una gran residencia o internado de alumnos de Segunda Enseñanza seleccionados.
En octubre de 1933 funcionaría también la “Residencia para señoritas”, para alumnas internas, medio pensionistas y externas. También habría profesoras de distintas asignaturas.
Durante la guerra civil española sirve de hospital de campaña y el edificio sufre numerosos daños. En 1937 con la llegada de las tropas franquistas a Málaga el colegio es devuelto a los jesuitas, y el 3 de mayo de 1938 es derogado el decreto anterior. El colegio y el internado vuelven a funcionar pasada la guerra. En 1975 el Colegio deja de tener internado. En 1986 se transforma en un colegio mixto.
El Museo
Para aplicar al nuevo colegio la propuesta educativa de la Ratio Studiorum, y en particular lo referente a la formación práctica, se traslada a Málaga el gabinete de física, el laboratorio de química y el museo de historia natural del recientemente cerrado colegio del Inmaculado Corazón de María que tenían los jesuitas en la calle Argote de Molina de Sevilla.
El primer inventario de las piezas del museo está realizado en 1885, con ocasión del expediente que dirige el rector del colegio, P. Juan de la Cruz Granero al Rector de la Universidad de Granada, solicitando ser un colegio de segunda enseñanza incorporado al Instituto de Málaga.
En este catálogo se hace un listado completo del material existente para el estudio en el área de las ciencias experimentales y consta de seis páginas escritas a mano a doble columna.
En la parte del museo de ciencias naturales figuran los animales clasificados por especies y el número de piezas que hay, y si éstas están montadas, contenidas en alcohol o en esqueleto. Los nombres de los animales figuran con su nombre en latín. En lo referente al gabinete de física y laboratorio de química, se hace una descripción completísima de cada una de las piezas que componen todos los aparatos.
La mayoría de los modelos didácticos tridimensionales expuestos en el Museo que reproducen un cerebro humano, corazón, un oído, la cabeza de un gorila, el estómago de un rumiante y una sanguijuela salieron de la casa comercial del doctor Louis Thomas Auzoux, y pueden verse en los principales museos de historia de la Ciencia y de la Medicina del mundo.
Actualmente, el museo de ciencias tiene la misma estructura que hace 125 años, y una parte importante de las piezas ya figuran en este primer inventario. Se trata de uno de los museos de la Historia de la Ciencia más completos de España, con cerca de 1.200 piezas y más de 400 aparatos.
Es necesario destacar la labor de conservación del Museo llevada a cabo por el doctor en Física y profesor del Colegio Manuel Narváez Bueno.