El origen del Colegio San José se remonta a 1887 cuando se creó el Círculo Católico para obreros San Francisco Javier.
Los jesuitas iniciaron una Escuela Nocturna para obreros, en unos locales de una antigua fábrica de jabón de la Calle Refino cedidos por D.ª Ventura Terrado. Allí empezó el Patronato San José para obreros cristianos en 1906, que se trasladó a la calle Pozos Dulces, en la parte trasera de la Residencia, al fallecer doña Ventura Terrado en 1913.
D.ª Ventura Terrado, viuda de Sandoval, cedió el usufructo de una antigua fábrica de jabón, en la calle del Refino, número 20, donde se reunieron el patronato y la congregación de obreros, después de realizar algunas obras de adaptación. Se construyó un gran salón, que también servía de capilla, un gimnasio, clases de dibujo lineal y artístico, modelado y vaciado, solfeo y música, carpintería y ebanistería, además de cuatro clases de primeras letras para pequeños durante todo el día y para adultos por las noches. Se impartían clases diurnas y nocturnas, con un alumnado que pertenecía esencialmente a familias humildes y trabajadoras.
Se pudo poner en marcha gracias a la ayuda que envió el provincial y a la de amigos como José Gálvez Ginachero, Guillermo Rein y José Jiménez apoderado de los Larios.
Con el director recién nombrado, el P. Juan Ramón Hidalgo, que había sido profesor de física en El Palo, fue inaugurado el patronato el día 2 de febrero de 1906, por la noche, con 160 obreros matriculados, que subieron a 270 a los pocos días.
Ventura Terrado murió en junio de 1913, lo que implicaba dejar el local, siendo trasladado el patronato a la parte trasera de la nueva residencia de la Calle Compañía, con entrada por Pozos Dulces. Entre 1916 y 1920 experimentó un renacimiento con el valenciano P. Heliodoro Gil Cartagena. Amplió hasta cinco clases, las hizo graduadas, y la matrícula subió a 450 alumnos. Estableció una sección en la congregación mariana del patronato, llamada Guía de Málaga encargada de recoger cuantas noticias pudieran ser de interés para los comerciantes e industriales malagueños. Fruto de su trabajo fue la Guía de Málaga en la mano que el Ayuntamiento declaró oficial, con cuyos beneficios se ayudaba a financiar el Patronato.
Al final de su etapa, la afluencia de alumnos fue mucho mayor y preparó tres aulas más en una casa contigua al patronato, adquirida en la calle Pozos Dulces. Después continuó el patronato con altibajos hasta la II República.
El 11 de mayo de 1931, alrededor de media noche se produjeron disturbios que destruyeron el Patronato y la Residencia, dejando inservible el inmueble. Disuelta la Compañía en 1932, los jesuitas vivían en residencias camufladas en distintos pisos alquilados y en 1934 pudieron abrir las clases del Patronato en aulas prestadas en el colegio San Manuel.
Devuelto el edificio en 1939 se puso en funcionamiento el Patronato Obrero con clases nocturnas, impartiendo clases nocturnas para los ferroviarios, a las que se añadieron en 1944 cuatro secciones unitarias, con maestros nacionales para enseñanza diurna de niños. Simultáneamente se empezó a montar un taller muy rudimentario de mecánica y algo de electricidad teórica.
Con la llegada a la dirección del Patronato, en 1945, de Francisco Mondéjar Cumpián, el centro recibe un impulso decisivo, consiguiendo autorización para impartir en la Escuela el título de Oficial Industrial en la rama de Mecánica y Electricidad; poco a poco se han ido introduciendo otras especialidades profesionales que han prestigiado al centro, por el alto nivel formativo de los alumnos que han pasado por sus aulas.
El P. Francisco Mondéjar tomó con decisión la dirección del Patronato y de la Congregación mariana en 1945, y construyó un gran edificio para la Escuela Profesional de 1951 a 1953. En 1959 se inició un internado que pervivió hasta 1975, ya en la barriada Carranque, a donde se trasladó el colegio en 1968. Actualmente es un Centro de Educación Secundaria y Formación Profesional de la Fundación Loyola Andalucía y Canarias.
En el año 1965 comienzan las obras del actual edificio del colegio, ubicado en la barriada de Carranque, que fue inaugurado el día 12 de octubre de 1968. El arquitecto del proyecto fue don Juan Jáuregui Briales, con la colaboración entusiasta del aparejador, señor Jáuregui Bravo, y constructor, don Miguel Gallego Banderas, de la firma Eme-Ge, S. L. El presupuesto superó los 14 millos de pesetas.
