La historia de la escuela comienza en 1905, cuando el sacerdote malagueño Diego López recogía el testigo del padre Andrés Majón e instauraba en la ciudad algo similar a lo que éste había comenzado a finales del siglo XIX en Granada, una casa de acogida en Pozos Dulces para salvar del hambre a los niños que deambulaban por la calle.
Organizaron un refugio nocturno para recoger a los niños que, por aquellas fechas, dormían en los escalones de las casas. Por suerte, al año de arrancar su labor humanitaria, el sacerdote recibió la visita de José Gálvez Ginachero, quien le ofreció un local que poseía su esposa a las afueras para desarrollar la labor del Ave María.
Aquel primer centro, ubicado en el Pasillo de Natera y que recibió la autorización de funcionamiento en 1910, recibía a diario a los hijos de muchos vecinos de los populares barrios de la Trinidad y el Perchel, que los enviaban a fin de que los pequeños pudieran comer dos veces al día y recibir una educación digna gracias a las aportaciones de los benefactores.
Fue en el año 1957 cuando el entonces Ministerio de Agricultura cedió un amplio solar cercano a Tabacalera, por la pobreza que imperaba en la zona, donde se ubica el centro actual, que ha visto salir a varias generaciones preparadas hasta la actualidad.
Aunque el grueso de su educación se ha dado en este lugar, también hubo unidades móviles asentadas en otros rincones. Ejemplo de ello es la que estuvo hasta los 80 en Puerta Blanca, debido a la distancia que separaba un punto de otro para que los niños atravesaran lo que entonces eran auténticas explanadas desérticas. También hay reseñado un colegio con el nombre de Escuela del Ave María La Encarnación de Málaga, que estaba situado en c/ Arganda, nº 77 y Cañizares, nº 2, 4 y 6, también en el barrio de Huelin y autorizado asimismo en 1910.
En la década de los 40 el director de la banda municipal de Málaga, el maestro Perfecto Artola, creó la banda de música de la escuela que sentó precedentes. Niños de entre 8 y 10 años se familiarizaron con este sector y muchos de ellos continuaron sus carreras musicales. La banda de música del Ave María adquirió un gran prestigio a nivel nacional y paseó por casi todas las ciudades bajo el nombre de banda del Frente de Juventudes.
El papel que jugó el doctor Gálvez en el desarrollo de esta escuela fue fundamental. Una vida de entrega a los demás que supo ver la labor de las Escuelas del Ave María y contribuyó con generosas aportaciones económicas.
En proceso de beatificación desde hace años, el médico y alcalde de Málaga estudió en Alemania y fue el primer ginecólogo en lavarse las manos antes de intervenir, un acto hasta entonces insólito.
En plena Guerra Civil Gálvez fue encarcelado, una noticia que conmovió a la ciudad entera e hizo que los leprosos del Hospital Civil se escaparan para manifestarse ante tal actuación, un ejemplo del afecto y cariño que el médico despertaba. Hace 61 años que el doctor Gálvez dejó este mundo y todavía se le recuerda en el Ave María.
Aun así, la persona que representa la verdadera esencia del centro es el que fue desde 1936 hasta 1993 el director del Ave María, Jesús Corchón. De su vida poco se sabe, ya que siempre la mantuvo a la sombra de su labor casi hasta el fin de sus días, en 2003.
Su interés por instruir a los jóvenes y que aprendieran un oficio que luego pudieran aplicar en las empresas le hizo crear la primera incubadora empresarial sin saberlo. Una semilla que poco a poco germinó hasta lograr diversos convenios y acuerdos con instituciones y empresas en la actualidad.
Buena parte de su éxito se funda en un pragmatismo, que coincidía con la forma de actuar de don José. Se acomete cada Escuela, y en particular la de Málaga, con los medios de los que se disponen, por escasos que sean, adaptándose siempre a las circunstancias. En esta flexibilidad y capacidad de adaptación se basan muchos de sus inéditos métodos como la enseñanza al aire libre, de la que es pionera. Igualmente antes que plantearse cualquier discusión metodológica, el primer paso de las Escuelas es vestir, alimentar y dar de comer a los niños, consiguiéndose de esta forma interesar a las propias clases desfavorecidas en la escolarización de sus hijos, lo que evita igualmente que los niños estén en la calle.